Iako vegetarijanstvo donosi mnoge prednosti, važno je spomenuti i potencijalne nedostatke koji se mogu pojaviti. Najčešće se radi o manjku određenih hranjivih tvari poput vitamina B12, željeza, cinka i omega-3 masnih kiselina. Ako se na njih ne obrati pažnja, s vremenom može doći do umora ili slabijeg imuniteta. Zbog toga je ključno informirati se o namirnicama koje mogu nadoknaditi te nutrijente.
Željezo se, primjerice, u biljnoj prehrani nalazi u mahunarkama, špinatu i sjemenkama, ali se slabije apsorbira nego iz životinjskih izvora. Kombinacija biljnih izvora željeza s namirnicama bogatim vitaminom C može poboljšati njegovu apsorpciju. Vitamin B12 se uglavnom nalazi u namirnicama životinjskog podrijetla, pa ga vegetarijanci često nadoknađuju putem obogaćene hrane ili dodataka prehrani. Time se izbjegavaju potencijalni zdravstveni problemi povezani s nedostatkom.
Osim toga, treba voditi računa i o dovoljnome unosu proteina. Iako se proteini nalaze u namirnicama poput graha, leće, tofua i kvinoje, važno je kombinirati različite izvore kako bi tijelo dobilo sve esencijalne aminokiseline. Uz dobar plan, vegetarijanstvo može biti potpuno sigurno i nutritivno uravnoteženo, bez većih rizika za zdravlje.